Implication of repair genes in chronic lymphocytic leukemiagenetic and epigenetic variants in non-homologous end joining pathway genes

Resumen

La leucemia Linfática Crónica (LLC) es el tipo de leucemia más frecuente en países occidentales. Un evento temprano en estos linfomas es la aparición de deleciones, inserciones y translocaciones cromosómicas originadas por roturas de doble cadena (DSB) que no han sido reparadas adecuadamente. Estos fallos en la reparación podrían ser debidos a la existencia de variantes genéticas y/o epigenéticas en los genes implicados en estas rutas. Por ello, nos planteamos identificar alelos de susceptibilidad de baja penetrancia y variaciones en los niveles de metilación de los genes de reparación de la DSB, centrándonos principalmente en la ruta de reparación no homóloga NHEJ. Realizamos un estudio caso control genotipando 89 SNPs en 8 genes de la ruta NHEJ en 691 casos y 728 controles. El genotipado de los SNPs se llevó a cabo utilizando las plataformas Illumina (Illumina Inc., San Diego, USA) y Sequenom (Sequenom Inc., San Diego, CA). El estado de metilación de los promotores de los genes de la ruta NHEJ se analizó mediante MSP (methylation spcific PCR) en 150 casos y 150 controles. Además se analizaron los genes BRCA1, BRCA2 y RAD51C mediante pirosecuenciación. Los resultados mostraron un SNP en la región 5' del gen ATM, rs228589, fuertemente asociado con el riesgo a desarrollar LLC (P < 0.05). Además detectamos 2 haplotipos estadísticamente significativos en este gen: uno de riesgo "TCGTTCTTATCGT" (OR=1.33; 95% CI, 1.102-1.594; Global P-permutation=0.04) y otro de protección "CCGATCTTGTCGG" (OR=0.82; 95%CI, 0.707-0.962; Global P-permutation=0.04) asociados con cambios en los patrones de metilación. No se detectó ninguna otra asociación con el resto de genes. Los análisis de metilación mostraron 4 genes diferencialmente metilados. Las islas CpG de los promotores de los genes LIG4 y BRCA2 estuvieron significativamente más metiladas en pacientes con LLC, mientras que RAD51C y XRCC5 mostraron un porcentaje de metilación mayor en controles. Estos patrones de metilación estuvieron significativamente asociados con la presencia de células tumorales. Los resultados obtenidos muestran que existe un haplotipo de riesgo para LLC en el gen ATM, capaz de modificar el patrón de metilación del gen. Por su parte, la metilación en los genes de reparación analizados, parece estar asociada a la evolución del proceso tumoral más que a la susceptibilidad