Búsqueda de marcadores genéticos para atribución de fuente de campylobacter jejuni, mediante hibridación genómica comparativa y mlst

Résumé

La finalidad del presente trabajo es detectar marcadores genéticos en Campylobacter jejuni y contribuir con ello al conocimiento de la epidemiología de la campilobacteriosis humana, que aún hoy en día presenta muchos puntos oscuros. Basándonos en el grado de diversidad genómica (variabilidad y/o plasticidad genéticas) entre cepas procedentes de distintas fuentes de aislamiento, buscamos genes o regiones génicas que puedan emplearse bien como marcadores, bien como dianas para el desarrollo de métodos moleculares para la atribución de fuente. La base del análisis incluye una comparativa por CGH (Comparative Genomic Hybridization) utilizando microarrays de ADN que contienen el genoma universal de C. jejuni y un análisis de la estructura poblacional mediante la técnica MLST (Multilocus Sequence Typing). Para ello fue necesario: a) seleccionar una colección de cepas procedentes de diversas fuentes, asegurando la no clonalidad mediante ERIC-PCR; b) analizar la estructura poblacional y las relaciones filogenéticas entre las cepas mediante MLST; c) establecer las condiciones experimentales óptimas para la aplicación de la técnica CGH; d) aplicar esta técnica al análisis de las cepas seleccionadas, evaluando la diversidad genómica en las cepas y buscando marcadores que relacionen la variabilidad genética y las relaciones filogenómicas detectadas